پس از تشریف فرمایی حضرت امام خمینی (ره) همچون سربزی پرتلاش در خدمت حضرت امام (ره) و انقلاب بود. او پس از پیروزی انقلب اسلامی، فعالیتش را به عنوان معاون کمیته مرکزی انقلاب اسلامی شروع کرد و از طرف حضرت امام خمینی (ره) در صندوق تعاون صنفی، در جهت بهبود وضع اصناف تلاش فراوانی نمود.
ایشان همچون در راه‌اندازی و شکل‌گیری جامعه روحانیت مبارز در تهران نقش اساسی و حساسی داشت و به عنوان اولین دبیر این جامعه انتخاب شد.
شهید محلاتی در سال 1358 از طرف حضرت امام خمینی (ره) ماموریت یافت تا مراسم باشکوه حج ابراهیمی را به نحو احسن برگزار نماید. در انتخاب اولین دوره مجلس شورای اسلامی نیز از سوی مردم محلات و دلیجان انتخاب و راهی سنگر قانون‌گذاری گردید.
نقش شهید در دفاع مقدس
شهید محلاتی نسبت به پیشرفت، تقویت و حمایت از جنگ و مسائل آن حساسیت و عنایت بسیار فراوانی داشت. همواره فرماندهان و مسؤولین سپاه را نسبت به تسریع و پرشتاب کردن کارهای جنگ تشویق می‌نمود و هیچگاه اجازه نمی‌داد مسائلی که باعث رکود و توقف در جنگ می‌شد، در سپاه مطرح شود. با کسانی که نسبت به جنگ و برخی ناملایمات و دشواریهای آن، سخنان و شایعاتی را مطرح می‌کردند (که موجبات تضعیف روحیه دفاعی، دلسردی و افسردگی فرماندهان فراهم می‌شد) بشدت برخورد می‌کرد.
شبهای آغاز عملیات در سنگر فرماندهان نگ حضور داشت و در لحظه‌های حساس و سرنوشت‌ساز جنگ که ممکن بود اضطراب و نگرانی خاطر به فرماندهان دست دهد مایه قوت و اطمینان قلب فرماندهان بود و با سخنان حکیمانه خویش فضای تردید و ابهام را تبدیل به قاطعیت، ایمان و اعتماد می‌ساخت.
جنگ، ملاک و معیار در برنامه‌ریزی و تصمیم‌گیریهای شهید محلاتی بود و هر برنامه و تصمیمی که باعث تقویت و موفقیت جنگ بود لازم‌الاجراء و هر طرح و اقدامی که موجب تضعیف مسئله جنگ می‌گشت ممنوع اعلام می‌شد. هرگاه که بنا بود با نمایندگان خود و مسئولین دفاتر در سپاه سمیناری داشته باشد سعی بر این داشت که این اجتماع در منطقه جنوب و اهواز تشکیل شود تا هم باعث قوت قلب فرماندهان و یگانهای رزمی شود و هم خود و مسئولین دفاتر بتوانند پس از سمینار به یگانهای رزم رفته و از نزدیک با مشکلات آنها آشنا شده و جهت رفع آنها اقدام کنند.
شهید محلاتی به دلیل اهتمام و احساس مسئولیتی که در مسئله جنگ داشت، با وجود شرایط سنی و کسالت، بیش از حد توانایی خود در جبهه حضور پیدا می‌کرد و تی در مواقعی که در تهران بود تمام توجهش به مسئله جنگ معطوف بود. یکی از روحانیون مسئول در نمایندگی حضرت امام (ره) مرحوم شهید محلاتی را پس از شهادتش در خواب می‌بیند. از ایشان سئوال می‌کند که چگونه هستید؟ ایشان می‌فرماید: «عازم جبهه هستم» این سخن شهید نشان می‌دهد که حتی پس از شهادت هم روح بزرگش از عالم بزرخ متوجه اوضاع جبهه بوده است.

مراسم سالروز شهادت شیخ فضل الله محلاتی روز دوشنبه 30 اسفندماه در حرم حضرت معصومه(س) برگزار شد.

به گزارش خبرگزاری های فارس و رسا از قم، حجت الاسلام رزاقی در این مراسم با توجه به ویژگی های شخصیتی شهید محلاتی تصریح کرد: وی از فضلای برتر حوزه علمیه بود که به تعبیر امام خمینی(ره) حقیقت تفکر و دین را تا پای شهادت پیمود.
وی با اشاره به حضور طلاب حوزه های علمیه سراسر کشور در جبهه های نبرد طی هشت سال جنگ تحمیلی گفت: دو هزار و پانصد شهید انقلاب از حوزویون هستند که در سایه ایمان و استقامت در مقابل دشمنان به درجه رفیع شهادت نائل شدند که نمایانگر اصالت دین و انقلاب اسلامی ایران است.
وی شهدا را شاهدان همیشه زنده تاریخ نامید و افزود: شهید سنگینی رسالت انبیا را بر دوش دارد و شهدای جامعه روحانیت که همان علما و دانشمندان دینی هستند با ارتقا سطح آگاهی ملت و در نهایت عمل به ارزشهای دین اسلام باید الگوی روحانیت نسل امروز باشد.
حجت الاسلام رزاقی با تاکید بر لزوم توجه ویژه به ترویج فرهنگ شهادت در جامعه که ناشی از باور و شخصیت شهید است بیان کرد: فرهنگ شهادت از شهادت است و باید با تقویت ایمان و اندیشه جوانان مسیر انبیا و اولیا را زنده نگاه داشت.
وی جهاد و مبارزه در راه حفظ ارزش های دینی را اساس باور روحانیت مبارز انقلاب عنوان کرد و گفت: جامعه روحانیت باید به متن مسایل و حوادث روز دنیا آگاه باشند و فقط به مطالعه و کسب علم بسنده نکنند و با الگو پذیری از شهید محلاتی و شهدای دیگر انقلاب به این آموزه ها جنبه عملی دهند.
وی خاطرنشان کرد: رشد علمی دانشگاهیان و متدینین ایران برای دشمنان خطرآفرین است ولی علما و دانشمندان ایران با الگو گرفتن از شهدای انقلاب و بی اعتنا به تهدیدات آنها با استقامت در مسیر آرمانها شهدا گام بر می دارند.
شایان ذکر است مراسم دیگری به مناسبت سالروز شهادت شهید محلاتی 3/12/85 از ساعت 17-15 در گلزار شهدای علی بن جعفر با سخنرانی حجت الاسلام صدیقی برگزار خواهد شد.