حضرت امام خمینی (ره) در پیامی به مناسبت شهادت ایشان می‌فرمایند:
«حجت‌الاسلام حاج شیخ فضل‌الله محلاتی، شهید عزیز را که من و شما او را می‌شناسیم، عمر خود را در راه اسلام و انقلاب صرف کرد و باید گفت از چهره‌های درخشان انقلاب بود و در این راه که راه خداوند است، تحمل سختیها نمود و رنجها کشید و با قامت استوار ایستادگی کرد.»
مقام معظم رهبری نیز در خصوص این شهید والامقام می‌فرمایند:
«در مرحوم آقای محلاتی یک خصوصیت وجود داشت که آن خصوصیت برای عناصر انقلابی خیلی مهم است و آن خصلت سازش‌ناپذیری و مبارزه‌گری و غیرت دینی و آمادگی برای فداکاری و تلاش ...
... همه کارهایی که احتیاج به یک پیگیری مداوم و خستگی ناپذیر داشت از دست شهید محلاتی بر می‌آمد. هیچکس دیگر این نشاط و این تحرک را نداشت، ... من تا الان هیچ فردی را ندیدم که در مبارزات عمومی آن جور سازش‌ناپذیر و خستگی ناپذیر باشد، در کار جمعی زود آشنا و زود آشتی و سهل‌المعونه باشد، آن آدمی که آن جور در مقابل دشمن سازش ناپذیر بود و مبارزه را به هیچ وجه ترک نمی‌کرد، به دوستان که می‌رسید یک آدم سازش پذیر و رام و بدون لجاجتی مشاهده می‌شد، چه دوران پیش از انقلاب، چه دوران بعد از انقلاب.
چهرة ایشان اجمالاً چهرة یک مبارز خستگی ناپذیر، صمیمی و مخلصی است که وقتی او نباشد جای او را به آسانی نمی‌شود پر کرد.»
«... از خصوصیات دیگر شهید محلاتی، عشق و ارادت وافر به امام بود. به قدری به امام علاقه و اعتماد به نظرات امام داشت که هر موقع امام یک چیزی را بیان می‌کردند، مثل یک امر تعبدی، برایش لازم‌الاجرا بود. چه روزی که امام حکم داده بودند که باید این کار بشود و چه آن روزی که حکم نداده بودند. ایشان می‌فهمیدند که تمایل امام به این است.
... اعتماد و ارادت ایشان به امام به نظر من یکی از عوامل خستگی ناپذیری ایشان بود. این را من احساس می‌کردم که حضرت امام (ره) یک اعتمادی به او داشتند و نظراتش را گوش می‌کردند.»

مراسم سالروز شهادت شیخ فضل الله محلاتی روز دوشنبه 30 اسفندماه در حرم حضرت معصومه(س) برگزار شد.

به گزارش خبرگزاری های فارس و رسا از قم، حجت الاسلام رزاقی در این مراسم با توجه به ویژگی های شخصیتی شهید محلاتی تصریح کرد: وی از فضلای برتر حوزه علمیه بود که به تعبیر امام خمینی(ره) حقیقت تفکر و دین را تا پای شهادت پیمود.
وی با اشاره به حضور طلاب حوزه های علمیه سراسر کشور در جبهه های نبرد طی هشت سال جنگ تحمیلی گفت: دو هزار و پانصد شهید انقلاب از حوزویون هستند که در سایه ایمان و استقامت در مقابل دشمنان به درجه رفیع شهادت نائل شدند که نمایانگر اصالت دین و انقلاب اسلامی ایران است.
وی شهدا را شاهدان همیشه زنده تاریخ نامید و افزود: شهید سنگینی رسالت انبیا را بر دوش دارد و شهدای جامعه روحانیت که همان علما و دانشمندان دینی هستند با ارتقا سطح آگاهی ملت و در نهایت عمل به ارزشهای دین اسلام باید الگوی روحانیت نسل امروز باشد.
حجت الاسلام رزاقی با تاکید بر لزوم توجه ویژه به ترویج فرهنگ شهادت در جامعه که ناشی از باور و شخصیت شهید است بیان کرد: فرهنگ شهادت از شهادت است و باید با تقویت ایمان و اندیشه جوانان مسیر انبیا و اولیا را زنده نگاه داشت.
وی جهاد و مبارزه در راه حفظ ارزش های دینی را اساس باور روحانیت مبارز انقلاب عنوان کرد و گفت: جامعه روحانیت باید به متن مسایل و حوادث روز دنیا آگاه باشند و فقط به مطالعه و کسب علم بسنده نکنند و با الگو پذیری از شهید محلاتی و شهدای دیگر انقلاب به این آموزه ها جنبه عملی دهند.
وی خاطرنشان کرد: رشد علمی دانشگاهیان و متدینین ایران برای دشمنان خطرآفرین است ولی علما و دانشمندان ایران با الگو گرفتن از شهدای انقلاب و بی اعتنا به تهدیدات آنها با استقامت در مسیر آرمانها شهدا گام بر می دارند.
شایان ذکر است مراسم دیگری به مناسبت سالروز شهادت شهید محلاتی 3/12/85 از ساعت 17-15 در گلزار شهدای علی بن جعفر با سخنرانی حجت الاسلام صدیقی برگزار خواهد شد.