در سال 1341 به دنبال اعلام تصویب نامه انجمنهای ایالتی و ولایتی، همراه با نهضت حضرت امام خمینی (ره) سعی در آگاه نمودن مردم و تشریح نظرات مراجع و علمای قم کرد. وی در آن زمان به عنوان رابط بین علمای تهران و قم نسبت به تبادل پیامها اقدام می‌نمود و با تنظیم اعلامیه و طومار، توانست امضای 120 تن از علمای تهران را بگیرد؛ که در آن زمان، چنین اقدامی بی‌سابقه بود.
پس از قیام عمومی مردم ایران در 15 خرداد 1342، با همکاری هیئت مؤتلفه، نسبت به چاپ و توزیع اعلامیه‌های حضرت امام خمینی (ره) از هیچ کوششی دریغ نمی‌ورزید.
پس از رحلت حضرت آیت‌الله حکیم (ره) و توطئة رژیم شاه جهت منحرف کردن اذهان عمومی از توجه به حضرت امام خمینی (ره)، به همراه تعدادی از روحانیون مبارز تهران تلگرام تسلیتی به حضرت امام خمینی (ره) مخابره و رحلت آن مرجع عالیقدر را تسلیت گفتند و جامعه را به تقلید از امام بزرگوار فراخواندند.
در جریان جشنهای 2500 ساله با تنظیم نامه‌ای حاکی از درد و رنج مردم ستمدیدة زابل و سیستان و بلوچستان و مخابره آن به نجف، پرده از حقایق تلخی که در کنار جشنهای آنچنانی می‌گذشت برداشت و ندای مظلومیت و محرومیت آن منطقه را به گوش جهانیان رسانید. به همین علت وی علاوه بر ممنوع‌المنبر شدن، از تهران نیز ممنوع‌الخروج گردید و سرانجام، در سال 1351 دستگیر و روانه زندان شد.
شهید محلائی در این باره می‌گوید: «در سال 1351 که مرا بردند، در یک زیرزمین که خیلی بدجایی بود، حدود یک ماه در آن سلول بودیم. به ما خیلی سخت گشت. تاریک بود. شب و روز را نمی‌شد تشخیص داد. از طرفی، برادران را شکنجه می‌دادند، می‌سوزاندند و ینها شبها تا صبح داد می‌زدند و وضع بسیار سختی بود در زندان.»
وی چهره بسیار درخشانی در مبارزات سیاسی بود و برای پیشبرد اهداف نهضت از هیچ تلاشی فروگذار نکرد و در این راه اهانتها و زخم زبانهای بسیاری شنید.
از دیگر فعالیتهای ایشان در این برهه، کمک به خانواده‌های زندانیان سیاسی بود.
شهید محلاتی در تشریح این فعالیتها گفته است: «در مواقعی که زندان نبودم، از طرف امام، نمایندگی رسیدگی به امور مالی خانواده‌های زندانین را داشتم و به زندانیان و رزمندگان کمک می‌کردم. اکثر اوقات که دستگیر می‌شدم، در اثر ارتباط با امام بود، یا سخنرانی بود، یا اعلامیه و یا دادن کمک به زندانیها و مبارزان.»
ایشان یکی از شخصیتهای بارزی بود که در امر تحصن روحانیون تهران و قم و دیگر شهرستانها که برای استقبال حضرت امام خمینی (ره) در تهران حضور داشتند فعالیت می‌کرد.
در آستانه ورود حضرت امام خمینی (ره) شهید محلاتی یکی از فعالترین اعضای کمیته استقبال از معظم‌له بود. آن شهید به فرمان حضرت امام خمینی (ره)، یا به پای ملت در تسخیر مراکز قدرت رژیم شاه حرکت کرد و تلاش خستگی‌ناپذیری را برای به ثمر رسانیدن پیروزی انقلب اسلامی انجام دد. در حمله به مرکز رادیو، شرکت جست و برای اولین بار در طول 1400 سال تاریخ اسلام، صدای انقلاب اسلامی توسط ایشان از رادیو بر سر تا سر عالم طنین افکند. فالیت ایشان آن چنان وسیع و فراگیر بود که دوستانش تعبیر «موتور انقلاب» را در مورد ایشان به کار می‌بردند.

مراسم سالروز شهادت شیخ فضل الله محلاتی روز دوشنبه 30 اسفندماه در حرم حضرت معصومه(س) برگزار شد.

به گزارش خبرگزاری های فارس و رسا از قم، حجت الاسلام رزاقی در این مراسم با توجه به ویژگی های شخصیتی شهید محلاتی تصریح کرد: وی از فضلای برتر حوزه علمیه بود که به تعبیر امام خمینی(ره) حقیقت تفکر و دین را تا پای شهادت پیمود.
وی با اشاره به حضور طلاب حوزه های علمیه سراسر کشور در جبهه های نبرد طی هشت سال جنگ تحمیلی گفت: دو هزار و پانصد شهید انقلاب از حوزویون هستند که در سایه ایمان و استقامت در مقابل دشمنان به درجه رفیع شهادت نائل شدند که نمایانگر اصالت دین و انقلاب اسلامی ایران است.
وی شهدا را شاهدان همیشه زنده تاریخ نامید و افزود: شهید سنگینی رسالت انبیا را بر دوش دارد و شهدای جامعه روحانیت که همان علما و دانشمندان دینی هستند با ارتقا سطح آگاهی ملت و در نهایت عمل به ارزشهای دین اسلام باید الگوی روحانیت نسل امروز باشد.
حجت الاسلام رزاقی با تاکید بر لزوم توجه ویژه به ترویج فرهنگ شهادت در جامعه که ناشی از باور و شخصیت شهید است بیان کرد: فرهنگ شهادت از شهادت است و باید با تقویت ایمان و اندیشه جوانان مسیر انبیا و اولیا را زنده نگاه داشت.
وی جهاد و مبارزه در راه حفظ ارزش های دینی را اساس باور روحانیت مبارز انقلاب عنوان کرد و گفت: جامعه روحانیت باید به متن مسایل و حوادث روز دنیا آگاه باشند و فقط به مطالعه و کسب علم بسنده نکنند و با الگو پذیری از شهید محلاتی و شهدای دیگر انقلاب به این آموزه ها جنبه عملی دهند.
وی خاطرنشان کرد: رشد علمی دانشگاهیان و متدینین ایران برای دشمنان خطرآفرین است ولی علما و دانشمندان ایران با الگو گرفتن از شهدای انقلاب و بی اعتنا به تهدیدات آنها با استقامت در مسیر آرمانها شهدا گام بر می دارند.
شایان ذکر است مراسم دیگری به مناسبت سالروز شهادت شهید محلاتی 3/12/85 از ساعت 17-15 در گلزار شهدای علی بن جعفر با سخنرانی حجت الاسلام صدیقی برگزار خواهد شد.